La costruzione della chiesa ebbe inizio nel 1470 e quella del chiostro nel 1472, per disposizione testamentaria del 25 luglio 1453 di Orlando Pallavicino il Magnifico, cui dettero esecuzione i figli Gian Lodovico e Pallavicino.
È in tradizionale forma tardogotica, nello stile proprio del XV secolo.
La facciata in laterizio, con finestre ad arco tondo e acuto, presenta il portale leggermente strombato, inquadrato da cornici in cotto e sormontato da un sobrio rosone. Le decorazioni in terracotta che adornano gli stipiti del portale sembrano prodotte nella fornace di Jacopo de’ Stavolis, su modelli di Rainaldo. Lungo il sommo della facciata e i fianchi della chiesa scorre una cornice di archetti pensili.
L’interno, a tre navate, presenta sulla sinistra quattro cappelle comunicanti, aggiunte nel 1478 le ultime due, mentre le prime furono in costruzione a partire dal 1484. All’imbocco della navata maggiore, due pile per l’acqua santa in marmo (XVII secolo) e nella retrofacciata Madonna col Bimbo e S. Pasquale Baylon di Clemente Ruta (1732) e Madonna e il Bambino (XV secolo), rilievo policromo di tipo toscano.
Giuseppe Verdi frequentò la chiesa fin da fanciullo e il 6 gennaio 1836 vi tenne un concerto d’organo, riscuotendo un enorme successo. Purtroppo lo strumento fu venduto alla chiesa di Trevozzo in Valtidone nel 1908.

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Nella prima cappella, dedicata a S. Antonio da Padova, già della B.V. delle Grazie, edificata per volere di Giovan Manfredo Pallavicino, Madonna col Bambino (XV secolo), frammento d’affresco, attribuito alla scuola veneta di Francesco Squarcione, proveniente dal vicino oratorio della Madonna del Canale, demolito nel 1906. L’altare in marmi pregiati è inserito in un’ancona che reca episodi della vita di S. Antonio, ai lati, in lavoro a mosaico. Nel 1638 fu posta nella cappella un’iscrizione dettata da Carlo Pallavicino.
La seconda cappella, dedicata a S. Rita da Cascia, già di S. Antonio da Padova, è dotata di altare in granito.
La terza cappella, dedicata alla Vergine Immacolata, patrona dell’Ordine dei Frati Minori, è dotata di altare in marmo bianco di Carrara e della statua in legno scolpito e policromato della Madonna (XVIII secolo).
Nella quarta cappella, dedicata a S. Francesco d’Assisi, S. Margherita da Cortona, ovale, alla maniera di Antonio Bresciani (XVIII secolo) e altare in marmi vari, prevalentemente in rosso di Verona.
Nella cappella, nella parete terminale della navatella che fiancheggia la navata minore di sinistra, il Compianto sul Cristo morto di Guido Mazzoni (1476-77), capolavoro della scultura emiliana del ‘400. Il gruppo è in terracotta policroma a tutto tondo, con sette figure dolenti che fanno corona al Cristo, rese con straordinaria introspezione psicologica ed intensità emotiva: Giuseppe d’Arimatea, Nicodemo, Maddalena, la Madonna, Maria Cleofe, Maria Salomé, S. Giovanni. L’opera fu donata dalla nobile famiglia bussetana Marziani, il cui stemma, con angeli dolenti in stucco ad altorilievo, spicca sulla grotta che ospita il Compianto.
Alla parete laterale della navata di sinistra è eretto il cenotafio di padre Ireneo Affò, in marmo bianco di Carrara (1797-98).
La cappella a sinistra del presbiterio, dedicata al Sacro Cuore, ospita un altare in marmo rosso di Verona.
Sull’arco trionfale, due angeli con blasone in stucco sorreggono lo stemma dell’Ordine Francescano. L’altare maggiore in marmi, prevalentemente di Verona e Carrara, è sormontato da una tavola di Lorenzo Ceregato, raffigurante il Crocifisso.
La parete della navata destra è ornata da un affresco staccato e frammentario attribuito a Nicolò dell’Abate, rappresentante Cristo caduto sotto la Croce e la Veronica (1543-44).
Il chiostro fu oggetto di ampliamenti fino al XIX secolo. Ospita alcuni affreschi attribuiti a Pietro Rubini e altri autori e dipinti vari, alcuni decisamente rimarchevoli, come la Sacra Famiglia con S. Giovannino, S. Antonio da Padova e altro santo francescano di Antonio Campi (1579-80), l’Immacolata di Ignazio Stern (1722-25).